La historia es una comedia tipo Shonen que ocurre en la prefectura de Kanagawa, y se centra en Keitaro Urashima y sus intentos por cumplir una promesa que hizo con una chica en su infancia para ingresar juntos a la Universidad de Tokyo. Sin embargo ha olvidado el nombre de la chica a la que le hizo la promesa y espera ser aceptado en la Universidad de Tokyo para encontrarla. Tras fracasar dos veces en el examen de ingreso, y que sus padres ya no están dispuestos a apoyarlo, él se va a quedar al hotel de su abuela, para descubrir que se ha convertido en un dormitorio para chicas. Estando a punto de ser echado por sus inquilinas, hace aparición su tía diciendo que su abuela le había otorgado la propiedad de los dormitorios, quedándose como el encargado del dormitorio de chicas propiedad de la familia Hinata (日向荘 Hinata Sō?, también conocida como dormitorios Hinata). Ahora debe equilibrar sus nuevas responsabilidades con sus intentos para pasar el examen de admisión para la universidad.
En los dormitorios Hinata Keitaro conoce a Naru Narusegawa, quien también está estudiando para ingresar a la Universidad de Tokyo. Naru ocupa el primer lugar en todo Japón en los exámenes de práctica, y Keitaro la convence para ayudarle a estudiar. Keitaro accidentalmente lee un trozo del diario de Naru y debido a que ambos se han acercado más a través de sus estudios, Keitaro cada día está más convencido de que Naru puede ser la chica de la promesa. En el segundo día de los exámenes de ingreso a la universidad de Tokyo, Keitaro le consulta a Naru sobre la promesa, sorprendiéndose cuando ella le dice que está equivocado. Pese a sus estudios, y a los resultados de los exámenes de práctica de Naru, ambos fallan en los exámenes. La pareja tiene una escusa y de forma independiente se marchan a Kyoto a aclarar sus cabezas. En el viaje ellos resuelven sus diferencias y conocen a Mutsumi Otohime, quien vive en Okinawa y también está estudiando para los exámenes de ingreso a la Universidad de Tokyo.
Tras regresar desde Kyoto, Keitaro y Naru deciden eventualmente retomar los exámenes. Después de un tiempo, Mutsumi se traslada a Tokyo, y los tres comienzan a estudiar juntos. Durante este periodo Naru comienza a convencerse que Mutsumi es la chica con la que Keitaro hizo su promesa, pero ella afirma que hizo una promesa en su infancia con Naru, no con Keitaro. Durante los exámenes de admisión, Keitaro cree que los ha fallado una vez más, y huye antes de ver sus resultados. Tras enterarse de esto, Naru sale en su búsqueda sin ver los resultados de sus exámenes, y eventualmente, es seguida por el resto de las residentes de los Dormitorios Hinata, quienes anuncian que tanto Naru como Keitaro, pasaron sus exámenes junto con Mutsumi. Sin embargo, en la ceremonia de inicio en la Universidad de Tokyo, Keitaro sufre un accidente y no puede asistir a la universidad durante tres meses. Tras recuperarse de sus lesiones, Keitaro decide estudiar en el extranjero con Noriyasu Seta. Como Keitaro se marcha, Naru finalmente le confiesa sus verdaderos sentimientos a él en el aeropuerto y decide esperar su regreso.
Cuando Keitaro regresa, él y Naru expresan sus sentimientos mutuos. Después de tratar con nuevos obstáculos, la abuela Hina regresa a los dormitorios y revela que Naru es la chica de la promesa de Keitaro. Cuatro años más tarde una ceremonia de boda (con una nueva chica presentada, Ema Maeda) se celebra en los dormitorios Hinata para Naru y Keitaro, que finalmente cumplen su promesa de infancia el uno al otro.